Michael Andreas Helmut Ende nació en Garmisch-Patenkirchen, Alemania, el 12 de Noviembre de 1929. Hijo de Edgar Ende, un pintor surrealista, y de Luisä Barthölomä, vendedora de joyas, Ende recibió una densa educación humanística y artística. En 1931 su familia se traslada a Berging, cerca de Munich. Allí, Ende conoce a la familia Buchner y al pintor Fanti, quien le narra muchas fábulas y le muestra diferentes esbozos. Michael aprendió a contar historias de él.

En 1936 entra en la Escuela Primaria de Wilhelm, donde no tiene éxito en los estudios. Un año después muere de neumonía su amigo Willie. Años más tarde, Ende reavivaría la imagen regordeta y con cabello castaño de su amigo fallecido en Bastián, protagonista de La Historia Interminable.

En 1943, ante la crudeza de la II Guerra Mundial y de los bombardeos sobre Munich, Michael huye a su ciudad natal. Allí estudia en el Klamer House, donde comienza a escribir poemas bajo el estímulo de su buen amigo Bokarius. Dos años después recibe la orden de unirse a la milicia, por lo que huye de nuevo, esta vez a Burach, donde residía su madre. Allí contacta con la organización antinazi. "Frente Libre Bavariana", actuando como mensajero en ciudades bajo bombardeo.

En 1947 entra en la Escuela de Steiner, en Studtgardt. Allí se siente atraído por el teatro, lo que le lleva a fundar el grupo "Teatro de Desván" en compañía de cuatro amigos en el desván del American House.

Un año después logra entrar en la Escuela Teatral de Otto Farkenberg, en Munich, gracias a que se le concede una beca de doscientos marcos durante dos años para costearle los estudios. Ende empezó a trabajar como actor, luego crítico y finalmente a lo que había ido, de dramaturgo; lo cual duró, entre unas cosas y otras, diez años. Sin embargo, el mundo de los cuentos infantiles, universo impensado dentro de sus proyectos, entró en su vida inesperadamente de la mano de un amigo, el día que éste le pidió unas páginas escritas para un libro ilustrado y ahí empezó todo. Así nacieron Jim Bottom y Lucas el maquinista y posteriormente Jim Bottom y los trece salvajes, en los que intervino como dibujante.

En un principio, como es normal, ningún editor le hizo caso, hasta que finalmente pudo conseguirlo, logrando estos dos cuentos los Premios del Libro Juvenil alemán en 1961. En 1949 conoce a la que sería su primera esposa, Ingeborg Hoffmann, durante una sesión de jazz.


En 1954 comienza a trabajar, gracias a la ayuda de Ingeborg, para un programa de radio de la Emisora de Bavaria, donde se encarga de la sección de comentarios de películas de cine. Es así como comienza a ver películas clásicas que le influirán notablemente, sobre todo las japonesas de Kurosawa.

En 1964 se casó finalmente con Ingeborg Hoffmann, en Roma; y un año más tarde su padre moriría de un ataque cardíaco a los sesenta y cuatro años de edad. En 1974 recibió el Premio de Literatura Adolescente de Alemania. Un año después, además, Ende escribiría la ópera Momo y los Ladrones de Tiempo para el compositor Mark Lotard.

En 1977 decide visitar Japón, en donde adquirirá notables influencias y nuevos conocimientos que posteriormente se revelan en sus obras. Su obra más popular, La Historia Interminable, obtiene un éxito apabullante, y recibe el Premio Janusch-Kortschack, donando el dinero ganado a los institutos infantiles varsovianos.

Más de diez años trabajó en El Espejo en el Espejo, y dos años después de publicarlo, muere su mujer de cáncer de pulmón, a la edad de sesenta y cuatro años. En Septiembre de 1989 se casaría de nuevo, esta vez con Mariko Sato. En 1994, tras detectársele células cancerosas, fue operado en el Hospital de la Universidad de Munique, donde pasaría más de quince días. Más tarde sería trasladado al Hospital Católico Josefismo y en Agosto empezaría el tratamiento anticanceroso, que duraría hasta Enero del año siguiente. Sin embargo, en Abril se le confirmó que su enfermedad era ya incurable.

Murió el 28 de Agosto de 1995, a la edad de sesenta y cinco años, siendo enterrado en el Cementerio Waldfriedhof Munchen de Munich.